20 种常见氨基酸，根据侧链可以分为几类：

脂肪族氨基酸（Ala，Gly，Val，Leu，Ile，），

芳香族氨基酸（Phe，Tyr，Trp，His），

酰胺或羧基侧链氨基酸（Asp，Glu，Asn，Gln），

碱性侧链氨基酸（Lys，Arg），

含硫氨基酸（Cys，Met），

含醇氨基酸（Ser，Thr），

亚氨型基酸（Pro）。

多肽化学合成中氨基酸的保护非常关键，直接决定了合成能够成功的关键。因为常见的 20 中氨基酸中有很多都是带有活性侧链的，需要进行保护。一般要求，这些保护基在合成过程中稳定，无副反应，合成结束后可以完全定量的脱除。合成中需要进行保护的氨基酸包括：Cys，Asp，Glu，His，Lys，Asn，Gln，Arg，Ser，Thr，Trp，Tyr。需要进行保护的基团：羟基，羧基，巯基，氨基，酰胺基，胍基，吲哚，咪唑等。其中 Trp 也可以不保护，因为吲哚性质比较稳定。当然在特殊的情况下，有些氨基酸也可以不保护，例如Asn，Gln ，Thr，Tyr。

氨基酸侧链保护基团非常多，同一个侧链有多种不同的保护基，可以在不同的条件下选择性的脱除，这点在环肽以及多肽修饰上具有很重要的意义。

侧链保护基和选择的合成方法有密切的关系，液相和固相不一样，固相中 BOC 和 FMOC 策略也不一样，从某种意义上看，多肽化学就是氨基酸保护基的灵活运用与搭配。

关于侧链保护基的使用，昂拓莱司生物这里主要介绍 Cys，Lys，Asp 的几种保护基。Cys 最常见的保护基有三种，Trt，Acm，Mob，这三个保护基可以完成多对二硫键多肽的合成。Lys 最常见的保护基有：Boc，Fmoc，Trt，Dde，Allyl，这对于固相合成环肽提供了很多正交的保护策略。Asp 最常见的保护基有：Otbu，OBzl，OMe，OAll，OFm。